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　　第二年暑假过后，高士其回到研究院又开始研究起脑炎病毒。一天他在实验室不小心弄破装有脑炎病毒的瓶子，病毒通过左耳耳膜进入小脑破坏小脑的中枢运动神经。无情的甲型脑炎病毒钻进了高士其体内。一天晚上，高士其正在图书馆里看书，忽然觉得眼睛不听使唤，他以为是眼病，就到眼科大夫那儿去检查，可怎么也查不出病因来。后来，不仅眼病经常发作，而且每到下午，他便昏昏欲睡。不久，他的左耳也变得有点聋了，脖子也有些发硬，转头都很困难，后来就连手也有点抖了，脚也不大灵便了。他赶紧到校医院作检查。一位神经科大夫经过诊断，确认他得了脑炎，劝他马上停学，回国休养。但他考虑到为祖国人民服务的本领还未学到依然带病坚持学习，并加入美国化学学会、美国公共卫生学会。

　　此时，日本侵略军在卢沟桥上响起了炮声。在这种形势下，他写作更努力了。他的文章既是科学小品，也是战斗檄文，他巧妙地把这两者结合在一起，向两条腿的法西斯毒菌进击。在《我们的抗敌英雄》这篇科学小品中，他写道：“白血球，这就是我们可敬慕的英雄。这群小英雄是一向不知道什么叫无抵抗主义的。他们遇到敌人来侵，总是站到最前线。”请看，这不是对抱着不抵抗主义的蒋介石之流的极大的讽刺吗？他的作品越出了科学的藩篱，成了政治的投枪了。

　　1941年九龙被日军占领，高士其从香港辗转来到桂林。在他的再三要求下，组织上根据他的要求和特长，让他担任科学食品研究所所长和东南盟军服务处的技术顾问。于是，他又开始了科学食品的研究，同时继续进行科学小品创作。从此，他于重庆、香港、九龙、广州、桂林、上海、台北等地过着动荡不定的生活，历尽艰辛和苦难。这时他已不能握笔写字，讲话也很困难，但仍以口述方式进行创作，撰写了大量的民主诗歌发表在各种报刊、杂志上，为中国社会的进步与发展作出积极的贡献。

　　家人尽量不去打扰他，有时实在看他思考得太苦，就禁不住劝他休息，但这是无济于事的。他不会停止他的思考，直到把文章完全构思好才会安静下来，给人的感觉好像是暴风雨结束了，他显得从容和安详。然后他一字字地叙述出来，再由秘书一字字地记录下来。但这也是一个艰难的过程，他用模糊不清的喉音一遍遍地说着，碰到难懂的句子和字，有时要反复说上七八遍才能听懂，实在听不懂时，他就用手哆哆嗦嗦地写出来。有的字别人要好长时间才能辩认清楚。他风趣地说，“我的字是天书。”

　　以后，他还担任中华全国科普协会顾问、中国科学技术协会顾问、中国人民保卫儿童全国委员会委员，并被推选为第一、二、三、四、五届全国人民代表大会代表。从此，他把自己的全部精力都献给了科普事业，成为科普园地中的辛勤园丁。他在全身瘫痪的情况下，还深入实际，到石景山钢铁厂参观，写下了《炼铁的故事》；到云南个旧锡厂拜访，发表了《锡的贡献》。从1949年到1964年，他发表了800多篇文章和诗歌，出版了近20本科普书籍。

　　高士其是个多产的作家，创作态度又是严肃认真的。所以，他的作品受到了广大读者，特别是青少年的喜爱。1954年，高士其的科学诗集《我们的土壤妈妈》获得全国儿童文学一等奖。发奖大会那天，当他坐着手推车来到会场时，全场响起了热烈的掌声。宋庆龄副主席代表评奖委员会亲自给高士其授奖。此时此刻，高士其的心情十分激动，在旧中国，他创作了那么多脍炙人口的科普佳作，依旧是贫病交加，不得不接受宋庆龄为他募集的捐款。而在新社会，党和政府给了他工作，并委以重任，生活有了保障，为孩子们写了些诗，竟受到这么高的奖励。他决心要更加努力地创作。他将所得全部奖金交给中国人民保卫世界和平委员会，委托他们转赠给深陷战争之苦的朝鲜小朋友。

　　这场疾病剥夺了高士其唯一的工作方式——口述。对此高士其感到十分痛苦，因为他认为无所事事是最不幸的，但他不甘心向厄运屈服。早在1939年高士其就丧失了写字的能力，在停笔40年之后，毅然拿起笔来锻炼写字。他用僵化变形的手夹着笔哆哆嗦嗦一笔笔地写着，刚开始一天只能写几十个字，但逐渐增加到一百多字、二三百字，最后达到每天写1500多字的水平。他往往要从早上9点写到夜里11点钟。他经常控制不住疾病所带来的颤抖，在笔记本上留下无数道划痕。

　　高士其非常珍惜他的工作权利和有限的生命，当需要挂点滴治疗时他总是要求挂在左手，尽管左手的静脉扎得已经不能再扎，他也不愿意伸出右手。他说：“右手是要工作的，谁也不能剥夺我工作的权利。”他左手打着点滴，右手还在颤抖着写字。高士其的这种精神，不仅感动了大夫和护士，也感动了病友们，他们每天从高士其病房走过时总看到他在沙发上坐着写啊写，从早上8点一直写到晚上10点、11点。在医院里恐怕再没有这样勤奋的病号了。（时任全国总工会主席）目睹了此情此景忍不住走进病房劝他注意休息。高士其用笔在纸上写道：“写作就是我最好的休息。”

　　1988年12月19日高士其与世长辞。在高士其逝世3年后的1991年，安徽少儿出版社决定出版《高士其全集》。1993年在人民大会堂召开了《高士其全集》第一卷首发式。1995年又举办了《高士其全集》出版发行仪式，该书荣获“国家图书奖”等4项大奖。1995年4月26日高士其“基金委员会”正式宣告成立。福建省在高士其童年生活的地方建立了“高士其纪念馆”。在北京则保留了“高士其故居”，这是中国唯一的一幢科学家故居，它是当年周恩来总理亲自批示为高士其建造的米黄色二层小楼。

　　2005年11月1日，是高士其诞辰100周年纪念日。《人民日报》发表了题为《今天我们为什么要追忆高士其》的文章，作者杨建写道：“我们追忆高士其，为他惊人的毅力而震撼，我们追忆高士其，为他高超的笔法所打动。使科学知识脱下庄重的礼服，为广大读者所喜闻乐见，他的作品立意深远而文辞浅显，小学生都可以读懂，大量拟人化的比喻、口语化的叙述，开科普创作之一代新风，《菌儿自传》《我们的土壤妈妈》等名篇佳作，成为世界科普文库中的经典。”